创新战略研究院实行学术咨询委员会领导下的院长负责制，创新院由四个研究中心及综合管理部门组成。

1.  工程教育发展研究中心。系中国工程院教育委员会秘书支持单位，由上海工程技术大学与中国工程院教育委员会共建。该中心聚焦高等教育、工程教育理论与改革实践研究、校本研究，承担教育政策分析、工程教育模式创新与战略咨询等相关职责。

2.  世界技能大赛中国（上海）研究中心。系国家人社部主导建设的四大中心之一，由上海工程技术大学与上海市人社局共建。该中心聚焦职业教育，主要围绕世界技能大赛及其他技能大赛的组织和国际对比等开展高水平研究，为推进职业教育改革与发展提供科学决策依据。

3.  上海新工科建设研究中心。系上海市省部级教育智库，夏春明副校长为该中心首席专家。依托学校工科、设计与管理三大学科群共融共生，以“三旋翼”主导人才培养创新，与国内外高校和科研机构合作，积极参与国家教育改革发展与实践，积极建言献策。

4.  合作教育研究中心。依托上工程多年来学院与产业进行合作教育（Co-op）的传统优势，共同推动新时期我校工学院产教融合高质量发展，提炼总结和传承学校产教融合特色，结合旋创新（Spinovation）理论与实践，引领国家应用创新型高校综合改革。

5.  综合管理部门：负责部门综合行政工作，科研管理和项目管理工作。